El edificio donde hoy se encuentra el Museo del Olivar y el Aceite de Baena fue hasta el año 1959 una antigua almazara cuya maquinaria, mayoritariamente de mediados del siglo XIX, es la que hoy se exhibe en sus distintas salas.

Con una amplia superficie expositiva distribuida en dos plantas, dedica la primera al molino, propiamente dicho, destaca el empiedro, la termobatidora, la bomba de pistón y la prensa hidráulica. El primero de ellos, también llamado solera, consistía en una superficie circular de granito sobre la que giraban los rulos o molones que trituraban la aceituna. La pasta obtenida se introducía en el segundo de los elementos señalados donde se batía ayudándose de las palas que conformaban la pieza y, finalmente, la bomba del pistón accionaba la prensa donde se extraía el aceite. Previamente, la pasta se había depositado en los capachos o capacetas, que un operario o cagarrache había transportado en un cubo formando el cargo. El aceite obtenido se recogía entonces en los pozos de decantación o pozuelos que se observan en la siguiente estancia, en las que el aceite de oliva será decantado dejándolo libre de los alpechines e impurezas. La bomba para trasegar los aceites e impulsar el agua caliente utilizada en la termobatidora, se accionaba mediante una de las múltiples poleas de transmisión por correa plana, que engarzada en el eje central, recibía su movimiento e impulso de la polea madre, accionada a su vez por el motor que aún hoy sigue ejerciendo su función primigenia.

Junto a los pozuelos se encuentra la sala en la que se ha recreado la antigua bodega, con sus grandes depósitos de hierro, y la sala de proyección y usos múltiples precedida por dos espacios donde se explica la extracción del aceite a lo largo de la historia y se expone una maqueta del que fuera molino del Duque, el más antiguo que existió en la villa