La primera sala del Museo Histórico de Baena, dedicada a la que fuera propietaria de los terrenos que hoy ocupa el parque arqueológico de Torreparedones, Antonia León Castro, tiene en su inicio un mapa donde se ubican los principales yacimientos arqueológicos del término municipal y un panel resumen de la historia baenense. Junto a ellos, una vitrina con un conjunto de fósiles nos presente una muestra de la paleontología en la que destaca un ammonites de excepcional tamaño procedente del término de Luque.

A la izquierda encontramos las vitrinas dedicadas a la prehistoria con interesantes ejemplos de industria lítica, puntas de flecha, pesas de telar, molinos de mano e incluso un trozo de cráneo fosilizado. Todo ello como compendio de una amplia etapa que abarca desde el Paleolítico hasta la Edad de los Metales y que sirve de preámbulo a la Cultura Ibera que será la más destacada en la Sala. De este modo, los siguientes vitrinas nos muestran la característica cerámica con decoración de círculos concéntricos en color almagra, fusayolas y elementos metálicos como fíbulas, podaderas, soliferreum o lanzas de hierro, regatones y otras piezas de interés relacionadas con este periodo. Sin embargo, serán las esculturas zoomorfas las que centren la atención del visitante, al comprobar que el Museo de Baena posee una de las más amplias colecciones de este género, algunas originales y otras, también halladas en el municipio, reproducidas ya que se exhiben en otros espacios museísticos, entre ellos el Arqueológico Nacional, donde junto a la Dama de Elche y a la de Baza, se encuentra la Leona de Baena, descubierta en el cerro del Minguillar donde se ubicó la antigua ciudad de Iponuba.

Una nueva vitrina en la que se exponen urnas cinerarias, platos y lucernarios, nos adentra en la zona cultual de la sala donde en primer lugar tenemos la columna o betilo sagrado, con su correspondiente capitel, que se descubrió en las excavaciones del Santuario de Torreparedones. Junto a ella una reproducción de la conocida como Estela Oferente, del mismo yacimiento arqueológico, que se exhibe en el museo de Cañete de las Torres y representa a unas damas portando un vaso caliciforme a modo de ofrenda, en lo que se interpreta podría ser el pórtico de acceso al santuario mencionado. Allí se rendía culto a Juno Lucina o a Dea Caelestis, divinidad asociada con la Tanit púnica y fruto de ese culto son los numerosos exvotos que se muestran en las siguientes vitrinas. Se trata de figuras antropomorfas (generalmente mujeres embarazadas) y representaciones anatómicas de piernas y pies interpretadas como  la forma de agradecer a la divinidad un parto exitoso o la curación de un miembro enfermo. También se exhibe un exvoto con la figura de un équido que junto a otros descubiertos recientemente indican la existencia en Torreparedones de un nuevo santuario dedicado a alguna deidad protectora de los caballos. Quemaperfumes y altares realizados en piedra caliza y dos grandes capiteles del siglo IV a.C. completan el espacio dedicado al mundo ibero. Un espacio que abandonaremos por la puerta que conduce hacia el patio principal del edificio, no sin antes contemplar una vitrina en la que se muestra lo que podría considerarse un anticipo de la gran colección numismática que se exhibe en la Sala IV del Museo. Monedas de distintos periodos de la antigüedad nos ubican en ciudades cercanas como Obulco, en la actual Porcuna (Jaén), y en otras más distantes como Tarraco (Tarragona) o la actual ciudad de Mérida, la Emérita Augusta de época romana.