Distribuido en tres plantas donde se ubican además espacios dedicados a almacén, conferencias y exposiciones, el Museo Histórico de Baena cuenta con una magnífica colección de piezas que en orden cronológico se exhiben de la siguiente manera:
Sala I. Dedicada a la Prehistoria y al mundo ibero, son especialmente relevantes las esculturas zoomorfas, sobre todo felinos, así como la amplia colección de exvotos en piedra procedentes del santuario de Torreparedones. Armamento, piezas arquitectónicas y una interesante colección de monedas completan esta sala desde la que se accede al patio principal del edificio donde se encuentra una tríada escultórica realizada en mármol que representa a los emperadores Augusto y Claudio divinizados, así como a la emperatriz Livia, una de las mujeres más influyentes de la Historia.
La Sala II se encuentra dedicada a la escultura romana y es que, además de la ciudad que existió en lo que hoy es el parque arqueológico de Torreparedones (Ituci Virtus Julia según unos autores o Bora, como apuntan investigaciones más recientes), en el término de Baena se ubicaron también otros núcleos urbanos de importancia como Iponoba (Cerro del Minguillar) o el Municipio Contributo Ipscense (Cerro de la Aldea, junto al Cortijo de Izcar) que han aportado a este museo piezas escultóricas de primer nivel, exhidas junto a los pedestales de otras, en la sala que nos ocupa, dedicada al historiador local Valverde y Perales.
La Sala IV alberga la colección numismática del museo compuesta por más de 2.000 monedas, además de anillos y otras joyas romanas de singular importancia. Junto a ellas, diversos elementos constructivos como fragmentos de columnas o capiteles nos hablan de la arquitectura del Imperio, el mismo que desarrolló una Cultura ampliamente documentada en las piezas expuestas en la Sala V donde, a juzgar de la arqueología, la romanización del actual territorio baenense fue un hecho incontestable.
En la última planta del Museo encontramos la Sala VII, dedicada a la Edad Media. En ella aparece representada la Antigüedad Tardía con diversos materiales de época visigoda (placas decoradas a molde, hebillas de cinturón y jarras cerámicas de ambiente funerario, así como un anillo paleocristiano con el nombre de Sabina y una reproducción del desaparecido Crismón de Baena). Por su parte, el periodo musulmán también está representado mediante elementos cerámicos relacionados con la antigua Bayyena.
Finalmente, de la Edad Moderna y Contemporánea se muestran algunos escudos heráldicos de la localidad, junto a los que se encuentra la Sala VIII, que ofrece algunos documentos fundamentales de la historia del municipio, junto a la galería de personajes ilustres de la localidad, entre los que destacan, por la grandeza y la importancia de sus obras, Juan Alfonso de Baena y José Amador de los Ríos. Una de las joyas de la sala es el primer facsímil en color del Cancionero de Baena, realizado exclusivamente para su estudio y exhibición en este museo.
Patio principal del Museo Histórico de Baena.
Estatuaria romana en la sala II del Museo.
A pesar de los significativos hallazgos producidos a lo largo del tiempo y de haber tenido incluso una Sociedad Arqueológica creada a principios del siglo XX, Baena no contó hasta finales de la misma centuria con un espacio museístico dedicado a las distintas culturas que dejaron su huella en el territorio. Originalmente, el Museo ocupaba tan sólo una parte de la segunda planta de la Casa de la Tercia, exhibiendo una colección modesta que, no obstante, cumplió con la finalidad didáctica de este tipo de instituciones y sirvió de acicate para numerosas donaciones que, a partir de ese momento, comenzaría a recibir el Ayuntamiento de la localidad. Sin embargo, la decidida apuesta municipal por el patrimonio arqueológico y las excavaciones llevadas a cabo en el yacimiento de Torreparedones, permitieron que aquella primitiva sala en la que durante más de una década se mostraron unos exiguos vestigios del devenir histórico baenense, acabase convirtiéndose en uno de los museos más señeros de Andalucía. Un espacio en crecimiento que acabó ocupando la totalidad del edificio donde con anterioridad se alojó modestamente.
El Museo Histórico de Baena ocupa un lugar destacado a nivel nacional tanto por la amplia colección de piezas iberas que expone, como por notable conjunto de esculturas romanas que exhibe en sus distintos espacios.