La situación geográfica de la localidad le otorgó relevancia durante siglos
BAENA FUE ESCENARIO DE GRANDES HECHOS HISTÓRICOS
El actual núcleo urbano de Baena y más concretamente su barrio histórico de la Almedina, fue el germen de la ciudad musulmana que acabaría convirtiéndose en la capital de la cora Bayyana, una de las provincias que integraron el Califato de Córdoba.
El nombre de la población aparece en importantes documentos de la época
El origen de Baena en su actual emplazamiento parece situarse en torno a la sublevación muladí de Omar ben Hafsúm que a finales del siglo X hostigó al emirato de Córdoba, siendo en el año 890 cuando conquista la antigua Bayyana, asesinando a sus defensores en un lugar cercano que aún conserva el nombre de Peñas de Omar.
A raíz de este sangriento suceso, la población cambia su emplazamiento al cerro inmediato de rápidas vertientes y mejor defensa, donde se había construido una gran alcazaba, germen del actual castillo, para albergar una guarnición de caballería y la residencia del gobernador de la cora de Qabra, motivo por el que en ocasiones se daba a esta demarcación el título de Cora Bayyana. Es en este momento cuando se irá configurando un barrio noble (la Almedina), con su mezquita aljama de cuyo alminar se conservan restos en el primer cuerpo del campanario parroquial de Santa María la Mayor.
El 24 de agosto de 1240 se rinde por capitulación pacífica a Fernando III el Santo que la concede a su hermano Alfonso de León y en junio de 1320 se firma en la localidad la llamada Paz de Baena entre la Hermandad General de Andalucía y el rey Ismail I de Granada. Una tregua de ocho años a la que se adhirieron también el infante Felipe, el reino de Murcia y el rey Jaime II de Aragón.
A principios del siglo XV, es otorgada en señorío al mariscal de Castilla Diego Fernández de Córdoba, aunque la donación quedaría sin efecto por la fuerte oposición del vecindario y tendría que ser ratificada más tarde.
La transición entre la Edad Media y la Moderna estaría marcada en Baena por la batalla de Martín González o de Lucena, en 1483. La decidida participación de sus gentes, al mando del conde de Cabra, permitió la derrota del ejército nazarí y la captura de Boabdil el Chico. Comenzaba el principio del fin del reino de Granada y Baena escribía una vez más su nombre en las páginas más señaladas de la Historia.